A estrutura administrativa da FADEX, regulamentada pela Res. 001/07 de 13.04.07 (Figura 1),  é composta de Conselho Curador, Superintendência (Superintendente e Vice-Presidente do Conselho Curador) Assessoria Técnica, Secretaria da Superintendência,  Conselho Técnico, Diretoria Executiva  com duas gerências: administração; projetos e relações institucionais. Nos impedimentos a Superintendência será exercida pelo Vice-Presidente do Conselho Curador, conforme alude o parágrafo 2.º, inciso X do Art. 14 do Estatuto da FADEX. O Conselho Técnico é uma unidade interna de assessoramento, composta pela superintendência,  diretoria e as gerências,  para uso na abordagem de questões de elevada complexidade onde seja de bom alvitre coletivizar as decisões.